Die interne Festplatte ermöglicht mit einer Größe von 80 GB Aufnahmen bis zu 14,5 Stunden bei höchster Qualität (1-Bit/5,6448 MHz, Stereo) oder 120 Stunden in CD-Qualität (16-Bit/44,1 kHz, Stereo). Sie können den MR-2000S über USB 2.0 mit ihrem Computer verbinden und die aufgenommenen Dateien mit „High Speed" übertragen. Außerdem ist der MR-2000S als externes USB-Laufwerk im FAT32-Format verwendbar, so hat man aufgenommenes Material und andere Dateien immer zur Hand. Ununterbrochene Aufnahmen sind bis maximal 6 Stunden möglich.

Mit dem MR-2000S lassen sich bis zu 160.000 Projekte intern speichern und effizient verwalten.
Wenn Sie Aufnahmen mit der MR-Serie machen, werden zwei Dateiarten angelegt: eine Audio-Datei und eine zusätzliche Projekt-Datei, die Einstellungen wie Aufnahmeverriegelung und Markerpositionen enthält. Diese zwei Dateiarten werden zu einem  Projekt zusammengefasst, welches von jedem Recorder der MR-Serie wie eine ganz normale Audiodatei behandelt wird. Mit dem MR-2000S kann man Datumsinformationen eingeben. Zusätzlich wird automatisch ein Datumsordner mit jedem neuen Aufnahmetag erstellt, in dem wiederum jede Projektdatei zu finden ist. Für jedes Format sind bis zu 400 Datenordner im Recorder erstellbar, die jeweils maximal 400 Projekte enthalten können. Zudem lassen sich die Projekte umbenennen, löschen und verriegeln. Bis zu 100 Marker-Positionen können pro Projekt definiert werden.